Bon pour ma part, j'ai collé WCG sur mes 2 machines persos et dès que je retourne au taf dans 1 semaine, je pourrais le coller sur les quelques serveurs que j'ai sous la main :jap:

Houha coool.

ça me motive pour me mettre à font sur génome ça. Après avoir vidé tous les projets génome comparaison, il n'y aura plus du tout d'unité ?

Coool. Oui ce serait normal qu'il fasse comme Simap, mais même si la diversité des projets est pas mal il aurait pus s'entendre avec Simap, enfin... Allez je me met aussi à font sur genome go go go

Le but du projet est le même que pour Simap, il n'y a que la méthode qui diverge. Simap utilise l'algorithme FASTA, alors que Genome Comparison utilise SSEARCH. Fasta a pour avantage de présenter une grande rapidité mais il est un peu moins sensible que SSEARCH qui permet en principe d'obtenir des résultats plus exhaustifs.

Chers collègues,

La principale différence entre notre projet (GenomeComparison) et le projet SIMAP est l'algorithme utilisé dans la recherche de similitudes. Il est largement reconnu par la communauté scientifique que l'algorithme Smith-Waterman (SW) est le plus sensible, bien que plus long. En outre un des auteurs de FASTA, William Pearson, reconnait à contre-coeur ceci .

Dans l'article décrivant SIMAP à la communauté scientifique, il est écrit :

"La solution optimale pour produire la matrice de similitude serait l'application approfondie de l'algorithme d'alignement Smith-Waterman (16) et le stockage de tous les points significatifs résultant de cette analyse. Bien que des réalisations efficaces (17) existent, les coûts informatiques sont au delà de nos possibilités. Ainsi, des approches heuristiques comme BLAST (1) ou FASTA (2) sont employées pour accélérer la recherche et le stockage des pics biologiques signicatifs dans une base de données et elles sont devenues l'outil d'analyse du séquençage le plus intensivement utilisé"

Pour surmonter certains de ces problèmes, en particulier le temps processeur exigé par l'algorithme Smith-Waterman, le projet SIMAP employe FASTA comme première approche puis utilise alors Smith-Waterman pour affiner les résultats, à l'exclusion des comparaisons ayant des scores bas (résultats de FASTA) avant l'exécution de l'Algorithme Smith-Waterman. Notre approche utilise directement l'algorithme Smith-Waterman assurant une meilleure détection dès le début des paires comparées, celà correspond donc à la solution optimale mentionnée par les auteurs de SIMAP dans leur article. Plusieurs autres groupes travaillent dans le développement d'algorithmes plus sophistiqués pour des recherches de similitude plus sensibles et plus rapides, jusqu'ici l'algorithme Smith-Waterman est toujours le plus sensible.

Notre approche revêt quelques aspects supplémentaires: nous employons des paramètres cohérents et nous découpons les valeurs dans le procédé entier, de ce fait assurant un marquage égal. Celà pour tenir compte des analyses statistiques comparatives additionnelles, par exemple dans l'étude de l'évolution de génome. Des paramètres sont placés pour tenir compte de l'addition des blocs de données tandis que le maintien du marquage résulte complètement compatible.

La phase actuelle est seulement la première étape de notre projet de comparaison du génome, puisque la prochaine étape sera peut être la comparaison des régions génomiques qui ont le potentiel de coder, mais ne sont pas actuellement identifiés en tant que tels, et qui pourrait être dus aux algorithmes utilisés pour la prédiction de gène, entre autres facteurs.

(SIMAP: la matrice de similarité des proteines. Thomas Rattei, Roland Arnold, Patrick-Tischler, Dominik Lindner, Volker Stumpflen and H. Werner Mewes. Nucleic Acids Research, 2006, Vol. 34, Database issue.)

Cordialement

L'équipe du projet GenomeComparison.
Antonio Miranda
Marcos Catanho
Wim Degrave