Dear all,

Thought to drop a note to explain at what point we are with the HCMD project. In short we have cumulated some delay (this happens very often with research!) but i can ensure you that we have made some really good progress with JET (the program we are developing for the detection of protein interfaces) which will be coupled with MaxDO (the docking program running on WCG) to reduce the computation time when running on a large database of proteins. Right now we are optimizing JET efficiency by integrating extra information.

To give you a more precise insight, the program detects properly interaction sites (as expected around the 40% of a site) based on conservation of amino-acids. The program, at the moment, reached the best performance over existing approaches in the literature. Physical-chemical properties of amino-acids could in principle improve site prediction and bring up the coverage to 50-60% for instance. In some cases, the percentage could be even bigger. This would make MaxDO to behave better and for all this, we believe a delay is much justified.

We are really speeding up to make all possible improvements fast and the delay that we propose is not indefinite! Just a couple of months more. We shall inform you with another post as soon as we are ready to deliver MaxDO to WCG.

Looking forward to work with you again soon.

Alessandra


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Chers tous,

J'ai pensé qu'il était nécessaire de faire un point sur l'avancement du projet HCMD. Pour faire court, nous avons accumulé du retard (ce qui arrive souvent en recherche) sur le développement de JET (le programme permettant la détection des sites d'interaction des protéines) qui devra ensuite être couplé avec MaxDO (le programme de docking qui doit être lancé sur la grille) afin de réduire les temps de calcul pour le lancement sur un grand nombre de protéines (environ 4000). Néanmoins, je peux vous assurer que nous faisons de réels progrès dans l'optimisation de JET par l'intégration d'informations biologiques supplémentaires.

Pour vous donner une idée plus précise, JET détecte correctement les sites d'interaction (comme attendu autour de 40 % d'un site) en se basant sur la conservation des acides aminés. Le programme obtient la meilleure performance par rapport aux approches existantes qui utilisent la conservation des acides aminés. Néanmoins, l'ajout d'information concernant les propriétés physico-chimiques des acides aminés peu en principe amener à une détection de 50-60% d'un site d'interaction. Dans certain cas ce pourcentage peu même être plus élevé. L'ajout de ces nouvelles informations pourra améliorer le comportement de MaxDO et nous pensons que ceci justifie le délai supplémentaire.

Nous nous dépêchons afin de réaliser toutes les améliorations rapidement dans un temps qui n'est absolument pas indéfini !!! Moins que deux mois de plus. Nous vous informerons avec un nouveau post dès que nous serons prêt à délivrer MaxDO au WCG.

Dans l'attente de travailler prochainement avec vous.

Alessandra